RNA 的检测和定量通过逆转录聚合酶链反应 (RT-PCR) 和定量 RT-PCR (RT-qPCR) 进行。这些方法广泛用于分子研究和临床诊断，但无法区分 cDNA 和基因组 DNA 的扩增。这可能会导致产生假阳性结果，并且在 RT-qPCR 的情况下，会导致对 RNA 数量的错误估计。

RT-qPCR 中可能发生基因组 DNA 污染的几个来源，最常见的来源之一是 RNA 提取中使用的细胞。通常，PCR 是使用跨内含子的引物设计的，旨在特异性扩增 cDNA。然而，智能引物设计并不能保证准确的 RNA 定量。除非内含子足够大，否则受污染的 gDNA 仍可能竞争引物和探针并导致假阳性。加工过的假基因也可能构成假阳性的重要来源。这些假基因不含内含子，与 cDNA 相同。因此，在 RT-PCR 和 RT-qPCR 中，在扩增之前去除任何污染的 DNA 是谨慎的。

从 RNA 中去除污染基因组 DNA 的最常用方法是 DNase I 处理。现在有一种新的、快速的方法可用.